高新技术企业认定申请办理必须提供两类审计报告，一种是年度审计报告，另外一种是专项审计报告。
在这其中，年度审计报告主要是指近一年会计报告、近二年会计报告、近三年会计报告；专项审计报告是指近三个会计年度研究开发费用专项审计报告和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告或鉴证报告。
年度审计报告主要审查的是企业近三个会计年度的财务报表，一般来说情况下包含下列几项：资产负债表、利润分配表、现金流量表、实际营业收入等。
专项审计报告就是指注册会计师接纳拟向相关部门申报开展高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度（具体经营不满三年的按实际经营期限）的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入明细表进行审查，并出具相应的专项审计报告。
根据上述内容，申请高新技术企业总共需要五份审计报告。分别是近三个年度的财务会计审计报告、近三个会计年度研究开发费用专项审计报告和近一个会计年度高新技术企业产品（服务）收入专项审计或鉴证报告。
专项审计报告一般是在高新技术企业申报前的三个月之内找会计师事务所出具，近三年财务会计审计报告一般是在项目申报前找会计师事务所出具。
而企业在办理高新技术企业审计报告过程中，还需要注意以下几个方面：
1、建立高新收入研发费用台账，单出将研发费用列出来制定二级科目，很多中小企业都直接将研发费用放在了管理费用当中，这样的做法是不规范的。
2、销售合同及9应该及时整理，毕竟这代表着企业的真实销售案例。
3、应该建立和完善企业的各项管理制度。
4、高新技术企业研发费用入账依据应该要做好。
高新技术企业资格自颁发证书之日起，有效期限为三年。期满前三个月，企业应明确提出复审申请，不进行复审请求或复审不过关的，高新技术企业资格到期将自动无效。
