PH的变化会引起各种酶活力的改变，影响菌对基质的利用速度和细胞的结构，以致影响菌体的生产和产物的合成.产黄青霉素细菌的细胞壁随PH增大而减少，其菌丝的直径在PH6.0时为2~3um，而PH7.4时，菌体直径为2~18um，呈大量膨胀酵母状细胞，随PH下降菌丝形态将会恢复正常。PH值还会影响菌体细胞膜电荷状况，引起膜的渗透性变化，从而影响菌对营养吸收和代谢产物形成等。
因此在了解发酵过程中各阶段合理PH以后，需要进一步设法控制PH在合适的范围内。首先要在基础培养基配方考虑到维持PH的需要，然后通过中间补料来控制PH。如在青霉素发酵中，根据产菌代谢需要改变加糖速率来控制PH。
另外，也可通过中间补加氨水，尿素或硫酸铵，碳酸钙来调节PH。如在某种抗生素发酵过程中，当发酵液中氨基氮较低时可通入氨水。
但如此PH过高，超过适合范围，则可以用硫酸铵代替氨水降低PH，并补充氮源的不足。目前国内使用一些电极和控制器来监控和调节PH，这样使得调控更加方便。
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