线性离子阱质谱仪为常规结构解析提供多种解离技术。PQD是消除低质量截止效应的技术。广泛应用于可预测和不可预测代谢物的检测，并可以使用同重元素标记法进行肽定量分析。
主要应用：
1、应对代谢物鉴定和确证，线性离子阱质谱仪可自动查找到所有可能的代谢物。
2、基于离子/离子化学的电子转移解离，线性离子阱质谱仪是实现此技术的仪器。ETD与CID互为补充，提高蛋白序列覆盖率；保护不稳定PTM翻译后修饰基团，简化数据分析；单次进样自动启动CID和ETD。
3、母离子智能选择：自动数据依赖多级质谱采集技术不仅能为用户提供预测代谢物结构信息，也能提供提供未预测的代谢物结构信息。此外，使用自动固定中性丢失数据依赖性扫描触发三级质谱扫描能检测某一类的代谢物。使用MetWorks和MassFrontier分析软件增强复杂基质钟代谢物筛选和鉴别功能，使谱图解析更加简便。
4、应对蛋白质组学和生物标记问题，ETD解离技术使LTQ XL成为蛋白质组学研究更Q大的分析工具。
线性离子阱质谱仪的功能简介：
1、可升级的电子转移裂解（ETD)模块可以提供传统裂解方法无法得到的蛋白质翻译后修饰信息；
2、脉冲碰撞能量诱导解离（PQD)功能可以提供低质量端碎片离子信息；
3、自动数据依赖性多级质谱采集技术不仅为用户提供预测代谢物结构信息，也能提供未预测到的代谢物结构信息。此外使用自动固定中性丢失数据依赖性扫描触发三级质谱扫描能检测某一类的代谢物。使用MetworksTM 和Mass Frontier分析软件增强复杂基质中代谢物筛选和鉴别功能，使谱图解析更简便。
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