在HACCP的七个基本原理中，原理一就是"危害分析和措施"，要想做好危害分析，食品加工者须获得潜在危害的有关知识，弄清楚危害的概念。在HACCP中，"危害"指的是食物中可能引起或伤害的情况或污染。这些危害主要分为三大类即：生物的危害、化学的危害和物理的危害。而在食品中发现的令人厌恶的昆虫、毛发、脏物或腐败等，因为它们经常不是直接的与产品的有关，除非这些条件直接影响到食品，否则，它们不在HACCP计划的控制范围之内。但这不等于说这种现象是可以容忍的，它们将由良好规范（GMP）和卫生标准操作程序（SSOP）来控制，也就是说HACCP不是一个孤立的系统，而是建立在GMP和SSOP基础上的。它们的关系在以后的文章中还会具体谈到。
在影响食品的三大类危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的、。食品中的生物危害既有可能来自于原料，也有可能来自于食品的加工过程。微生物种类繁多分布广，被划分成类型。食品中重要的微生物种类包括：酵母、霉菌、和原生动物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（虽然某些霉菌产生有害的，化学危害），只有原生动物能引起食品的生物危害。
在生物危害中，有害引起的食品危害又占到90%。害是指某些有害在食品中存活时，可以通过活菌的摄入引起人体（通常是肠道）预先在食品中产生的导致。前者称为食品，后者称为食品中毒。这些致病菌根据其有无芽胞可分为芽胞菌和非芽胞菌，芽胞菌有肉毒梭菌、产气荚膜梭菌和蜡样芽梭菌；非芽胞菌有流产布氏杆菌、猪布氏杆菌、空肠弯曲杆菌、致病性大肠杆菌如O157：H7大肠杆菌、李斯特菌、沙门氏菌属、贺氏杆菌、致病性金黄色葡萄球菌、脓性链球菌和弧菌等。由于是活的生命体，需要营养、水、温度以及空气条件（需氧、厌氧或兼性），因此通过控制这些因素，就能地、杀灭致病菌，从而把危害、消或减少到可接受水平，例如，控制温度和时间是常用且可行的措施，低温可微生物生长，加热可以杀灭微生物。
其它微生物一样到处存在。它们小，，有进入一个适合的寄主内时，才能利用寄主内的材料进行复制生长。与食品有关的主要有A型和诺活克。传递到食品通常与不好的卫生状况有关，通过加热产品和防加热后的交叉污染可以。
也是需要有适合的寄主才能存活的生物。有几千种虫，只有约20%的能在食物或水中发现，通过食品的大约有100种，它们主要是线虫、绦虫、吸虫和原生动物等。原生动物是细胞动物，食品中寄生的原生动物有痢疾阿米巴、肠伯氏鞭毛虫等，它们能造成危害。通过加热食品可以食品所带的虫。
化学危害也有三类。一类是天然的化学物质，如霉菌、组胺、鱼肉和贝类等，它们主要存在于植物、动物和微生物中。二是有意添加的化学药品--食品添加剂，如防腐剂、营养添加剂和添加剂等。这些化学物质并不总是代表危害，只有它们的用量过了规定的使用量时，才会对消费者造成潜在的危害。三类化学危害是无意地或偶然加入的化合物。如农用杀虫剂、除草剂、和生长等的残留、和清洁剂等污染食品都有可能造成化学危害，这种危害难控制，也是我国目前遭受贸易壁垒多的一种危害。化学污染可以发生在食品生产和加工的阶段。要消这种危害，须从种养殖的源头抓起，否则，危害一但进入食品，就很难再将其消。
物理的危害包括在食品中发现的不正常的潜在的有害的外来物，如玻璃、金属等。这类危害是常见的消费者投诉的问题，因为伤害立发生或吃后不久发生，并且伤害的来源是容易确认的。
对影响食品的危害，在HACCP计划中都要采取相应措施，将其消或降到可接受水平。由于危害的种类很多，且危害的种类是随地不断的发展变化的，食品加工者应通过各媒体，获得食品潜在危害的有关知识。
