三方认证机构的HACCP认证，可以为企业食品控制水平提供有力佐证，而且将促企业HACCP体系的持续改，将提顾客对企业食品控制的信水平。在食品贸易中，越来越多的国或客户要求供方企业建立HACCP体系并提供相关认证证书，否则产品将不被接受。据进出口商品检验总公司HACCP认证协调主任朱晓南介绍，HACCP体系认证通常分为四个阶段，即企业申请阶段、认证审核阶段、证书保持阶段、复审换证阶段。
企业申请阶段，企业申请HACCP认证须注意选择、具备资格和背景的三方认证，这样才能认证的及证书效力，认证结果与产品消费国验证体系相衔接。在我国，认证认可工作由认证监督管理委员会统一管理，其下属机构中国合格评定委员会（CNAS）负责HACCP认证机构工作的实施，也就是说，企业应该选择经过CNAS的认证从事HACCP的认证工作。
食品企业在提交认证申请前，应与认证机构进行的信息沟通。HACCP不是空中楼阁，它要求食品企业应具备1定的基础，这些基础包括：良好生产作业规范（GMP）、良好卫生操作（GHP）或标准卫生操作程序（SSOP）以及完善的设备维护保养计划、员工教育培训计划等，企业应该已经按照现有中国法律法规的相关规定，如原出入境检验检疫局于1994年发布的“出口食品厂库卫生要求”或标准“食品企业通用卫生规范”（GB14881－94）等建立了食品卫生控制基础，企业应该已经具备在卫生环境下对食品进行加工的生产条件。申请认证的企业应就审核依据，是认证所涉及产品的卫生标准及产品消费对象、消费和地区等达成1致。
认证机构将对申请方提供的认证申请书、文件资料、双方约定的审核依据等内容进行评估。认证机构将根据自身资源及CNAS的审核业务范围决定受理企业的申请，并与申请方签署认证合同。
在认证机构受理企业申请后，申请企业应提交与HACCP体系相关的程序文件和资料，例如：危害分析、HACCP计划表、CCP点的科学依据、厂区平面图、生产工艺流程图、车间布局图等。申请企业还应声明已运行了HACCP体系。认证机构对企业提供和传授的资料和信息负有保密责任。认证费将根据企业规模、认证产品的品种、工艺、风险及审核所需人天数，按照CNAS制定的标准计费。
认证审核阶段认证受理申请后将审核小组，并按照拟定的审核计划对申请方的HACCP体系进行初访和审核，鉴于HACCP体系审核的，审核小组通常会包括熟悉审核产品生产的审核员，审核员是那些具有特定食品生产加工方面背景并从事以HACCP为基础的食品体系认证的审核员。要时审核小组还会聘请对审核过程提供指导。申请方聘请的食品顾问可以作为观察员参加审核过程。
HACCP体系的审核过程通常分为两个阶段，一阶段是进行文件审核，包括SSOP计划、GMP程序、员工培训计划、设备保养计划、HACCP计划等。这一阶段的评审一般需要在申请方的现场进行，以便审核组收集多的要信息。审核组根据收集的信息资料将进行危害分析，在此基础上同申请方达成关键控制点（CCP）判定眼光的1致。审核小组将听取申请方有关信息的反馈，并与申请方就二阶段的审核细节达成1致。二阶段审核须在审核方的现场进行。审核组将主要评价HACCP体系、GMP或SSOP的适宜性、符合性、。其中会对CCP的监控、纠正措施、验证、监控人员的培训教育，以及在新的危害产生时体系是否能自觉地进行危害分析并控制等方面给予的注意。
现场审核结束，审核小组将根据审核情况向申请方提交不符合项报告，申请方应在规定时间内采取纠正措施，并经审核小组验证后关闭不符合项，同时，审核小组将审核结果提交认证作出认证决定，认证将向申请人颁发认证证书。
证书保持阶段鉴于HACCP是一个控制体系，因此其认证证书期通常多为一年，获证企业应在证书期内HACCP体系的持续运行，同时须接受认证机构每半年1次的监督审核。如果获证供方在证书期内对其以HACCP为基础的食品体系进行了重大改，应通知认证机构，认证将视情况增加监督认证频次或安排复审。
复审换证阶段认证将在获证企业HACCP证书期结束前安排体系的复审，通过复审认证将向获证企业换发新的认证证书。
此外，根据法规及顾客的要求，在证书期内，获证方还可能接受及顾客对HACCP体系的验证。
